他亦主动开始植树，阿里巴巴基金会还在多个省份资助旨在恢复清洁水质的系列非营利项目“清源行动”。
环保之外，教育是马云的一个情结。
他喜欢老师这个职业，认其伟大。创业前，他是杭州电子工业学院讲师。他不喜一言堂的授课方式，重视学生的积极主动性，深得学生喜爱。
“中国的创新不好，归根到底是教育的问题。”他认为，中国的教没有问题，而育是有问题的。育是培养文化、情商。
乡村教育是他关注的重点。有阿里员工称，多年前马云去过一次西南农村，遇到一位在深山里教了17年书的老师，深受感动，遂决定要为贫困农村的教育做点事情。
马云公益基金会成立后，第一个项目放在杭州师范大学，捐赠1亿设立了“杭州师范大学马云教育基金”，推动基础教育和乡村教育的发展。
更进一步，2015年9月，马云基金会启动“马云乡村教师计划”，每年将投入1000万元寻找优秀的乡村青年教师、投入100万元为获奖的青年教师提供专业的系统能力建设。
很多年前，他说过一句话，“我这辈子，如果有机会的话，想帮助一万名小学老师。”现在，借由他的基金会，他想要做到的显然不止于此。
2013年，在马云加入生命科学突破奖基金会之前，其他三位捐助人都是全球新经济业界顶尖巨头：俄罗斯的尤里·米尔纳(DST Global创始人)、美国的谢尔盖·布林(Google联合创始人)夫妇和马克·扎克伯格(Facebook联合创始人)夫妇。
公众注意到了一种趋势的产生。“这些成长于互联网新时代的商人，对于用新思想和技术推动基础科学研究、改善人类健康状况展现了极大兴趣。”
介入医疗是马云的一个梦。他曾经在美国参观过约翰·霍普金斯医院，了解到那些捐款建医院的人的故事。他当时即发下誓愿，虽然这辈子做不了医生，但是“有一天也可以用自己的方式救死扶伤”。
中国公益基础建设和公益人才培养，也是马云的公益信托基金和马云公益基金会关注的重点。“对今天的中国来说，比金钱更重要的，是大家要先学会做公益。”马云说，“在这方面，我们都还是学生，这也是我建立基金会的原因。”
他一直知道社会的需求在哪里。现在，他将马云公益基金会的功能定位于唤醒。“如果说创建阿里巴巴和淘宝是为了激发人们成为企业家的灵感，”他说，“那么，我现在的工作是唤醒每个人的良知。我们希望播下种子，让年轻人未来在成功和富裕之后，想到他们应该做点什么。”
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